طبق اعلام معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی به دلیل اینکه شاخص SCImago Journal Rank یا SJR توسط گروهی در اسپانیا محاسبه و منتشر می‌شود. با توجه به عدم شفافیت در محاسبه شاخص فوق و اشتباهات متعددی که در شیوه گزارش این شاخص و نیز سایت SCImago Journal & Country Rank وجود دارد، استفاده از شاخص SJR و چارک‌های مجلات مبتنی بر آن و نیز اطلاعات سایت فوق در روندها و تصمیم‌گیری‌های پژوهشی و آموزشی، اعم از ارتقاء و ترفیع اعضای هیات علمی، تخصیص گرنت‌ها و منابع پژوهشی، ارزیابی‌ها و ارزشیابی‌های اعضای هیات علمی و امتیازدهی مقالات، جشنواره‌ها و انتخاب مجلات و پژوهشگران برتر و مشابه آن توصیه نمی‌شود.
به جای شاخص فوق در ارزیابی‌های پژوهشی و آموزشی، دانشگاه‌ها می توانند از شاخص CiteScore که توسط بانک اطلاعاتی Scopus به صورت شفاف محاسبه و در پایگاه اطلاعاتی Scopus منتشر می‌شود استفاده نمایند. علاوه بر آن می‌توان از شاخص Impact Factor نیز در این مورد استفاده نمود.
اطلاعات آخرین ویرایش شاخص‌های CiteScore و IF تمامی مجلات و چارک‌های محاسبه شده براساس آن در سامانه منبع‌یاب در آدرس https://rsf.research.ac.ir موجود و در دسترس است. لازم به ذکر است که چارک (Q) های سامانه منبع‌یاب براساس شاخص‌های CiteScore و IF بوده و ربطی به شاخص SJR ندارد.
